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Presentaron un adelanto de los resultados obtenidos en el análisis genético del nuevo coronavirus humano (SARS-CoV-2)

Las Secciones Virología y Genética Evolutiva de la Facultad de Ciencias, y el Departamento de Laboratorios de Salud Pública del Ministerio de Salud Pública (MSP) presentaron un adelanto de los resultados obtenidos en el análisis genético del nuevo coronavirus humano (SARS-CoV-2).

Este equipo lleva adelante un proyecto con enfoque de virómica, que apunta al estudio de toda la comunidad viral contenida en una muestra biológica. El trabajo se enfoca en la identificación de virus respiratorios (virus influenza, respiratorio sincicial, metapneumovirus), junto con el nuevo SARS-CoV-2.

En un comunicado difundido este miércoles, los investigadores explican que «mediante un abordaje virómico, que implica el enriquecimiento de partículas virales, y usando secuenciación masiva (NGS) Illumina disponible en la Plataforma Genómica de Facultad de Ciencias, se obtuvo la primera secuencia (SARS-CoV-2/Uruguay/Mdeo1/2020) que abarca la totalidad del genoma de SARS-CoV-2 (29870 nucleótidos). El virus se obtuvo de una muestra uruguaya (hisopado nasofaríngeo) previamente diagnosticada mediante qPCR por el DLSP-MSP. El genoma presentó una calidad y profundidad de lectura de secuencia excelente, no existiendo bases no asignadas (Ns) en ninguna posición del genoma».

Sobre la secuencia SARS-CoV-2/Uruguay/Mdeo1/2020, el comunicado expresa que «la comparación con la secuencia de referencia depositada en el GenBank (cepa china aislada en la ciudad de Wuhan al inicio de la pandemia), muestra solo 4 cambios nucleotídicos simples, de los cuales uno produce un cambio de aminoácido. La comparación de 29276 nucleótidos de esta secuencia con las 10 secuencias uruguayas disponibles en la base de datos GISAID evidencia pocos cambios (hasta 9 cambios nucleotídicos)».

Ruben Pérez, profesor de la Sección Genética Evolutiva, explicó al Portal de la Udelar que la metodología utilizada para obtener la secuencia puede aplicarse en muestras humanas y animales. Destacó especialmente que la técnica que aplicaron los investigadores «no es utilizada comúnmente, y permite evitar el uso de cebadores o sondas de captura. Además, se obtiene el genoma secuenciado en su totalidad, son pocos los genomas que están secuenciados con esa calidad y extensión en Sudamérica», señaló.

Pérez agregó que «es importante secuenciar muestras representativas de la variabilidad existente en el país. En esta oportunidad, la secuencia corresponde a uno de los primeros casos detectados en el territorio nacional, por lo que puede brindar información sobre el origen de la pandemia y de los cambios genéticos existentes con respecto a las cepas detectadas en Wuhan, China, sitio donde emergió el virus. La secuencia es un producto de la investigación, pero nuestro objetivo va al desarrollo de metodologías nuevas e innovadoras para estudiar los genomas».

Además, el grupo obtuvo la primera secuencia completa del genoma de virus respiratorio sincicial (RSV) de Uruguay, a partir de otra muestra perteneciente al banco de muestras de la Sección Virología. Al respecto, Pérez explicó que en el país «no hay disponibles secuencias genómicas completas de otros virus respiratorios; consideramos que era necesario secuenciar cepas uruguayas de esos virus como un paso previo del análisis de coinfección».

Los investigadores manifiestan que estos resultados marcan un hito en los estudios de estos virus en el país. Este abordaje virómico «tiene relevancia epidemiológica, particularmente para la etapa invernal entrante donde la circulación de otros virus respiratorios aumenta. Esta cocirculación viral en la población podría generar coinfecciones que alteren los cuadros clínicos, especialmente en individuos vulnerables. A nivel mundial las investigaciones sobre las implicancias clínicas de la coinfección con SARS-CoV-2 y otros virus respiratorios son limitadas, aunque ya se han reportado casos de coinfección con RSV, Influenza A, coronavirus HKU1 y metapneumovirus, entre otros».

El comunicado agrega que «la detección y caracterización de los microorganismos que coinfectan a los pacientes con COVID-19 es un recurso importante para el control de la presente pandemia y una herramienta que pueden implementar los servicios de vigilancia sanitaria nacional.

El desarrollo de este proyecto continuará con la secuenciación de nuevas muestras y análisis de los datos obtenidos, indicó Pérez, «de esta técnica se obtienen una gran cantidad de resultados, no solo se obtiene la secuencia de SARS-CoV-2 sino que también podemos obtener secuencias de otros virus e incluso bacterias, por lo que los datos tienen que ser analizados y evaluados en profundidad». También aclaró que el equipo tiene la intención de publicar estos resultados «porque son un avance metodológico que interesará a la comunidad científica internacional».

Valoró la importancia de la Plataforma Genómica de Facultad de Ciencias, cuya responsable es la profesora Yanina Panzera, porque pone a disposición el equipamiento necesario para estos análisis, incluyendo un equipo de secuenciación adquirido el año pasado gracias al programa de «Fortalecimiento del equipamiento para investigación» de la Comisión Sectorial de Investigación Científica de la Udelar.

Destacó a las personas que han intervenido en estas actividades, trabajando en una asociación Udelar-MSP «que implica investigación y transferencia de conocimiento». Además de Pérez  y Panzera, integran este grupo de investigación Adriana Delfraro, Natalia Ramos, Sandra Frabasile, Lucía Calleros, Claudia Techera, Sofía Grecco, Eddie Fuques, Natalia Goñi, Leticia Coppola, Viviana Ramas, Héctor Chiparelli y Juan Arbiza.

Descargar comunicadViroma humano en muestras de hisopado nasal-nasofaríngeo: un nuevo enfoque para atender la pandemia de SARS-CoV-2

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